Primerdimeerartefacten treden typisch op bij een hoog drempelcyclusnummer (meestal > 35 cycli), dat hoger is dan het drempelcyclusnummer voor het gewenste amplicon. Primerdimeren nemen aanzienlijk toe wanneer heteroloog genomisch DNA wordt toegevoegd.
Waar zou je primerdimeren op een DNA-gel zien?
In niet-kwantitatieve eindpunt-PCR zal primerdimeer verschijnen als een min of meer vage uitstrijkje op een agarosegel, onder de productband van belang.
Hoe worden primerdimeren gevormd?
Primerdimeren vormen wanneer twee primers aan elkaar binden, in plaats van aan het matrijs-DNA, vanwege gebieden met complementariteit van de primer.
Hoe detecteer je primerdimeren?
De gemakkelijkste manier om te controleren op primer-dimeren is om uw reacties te vergelijken met uw negatieve controle (water in plaats van DNA of RNA). Er zullen zich nog steeds primerdimeren vormen in de negatieve controle. Sommige primersets vormen eerder dimeren dan andere.
Waarom verschijnen primerdimeren?
Meestal worden primerdimeren gezien vanwege de hoge concentratie van de primer in het PCR-reactiemengsel. Of als er geen PCR-amplificatie is en je kunt zien op primerdimeer in de agarosegel. Als u het PCR-product kunt zien, kunt u de concentratie van de prime verminderen en de andere omstandigheden hetzelfde houden.
