Homologiemodellen kunnen ook worden gebruikt om subtiele verschillen te identificeren tussen verwante eiwitten die niet allemaal structureel zijn opgelost . De methode werd bijvoorbeeld gebruikt om kationbindingsplaatsen op de Na+/K+ ATPase te identificeren en om hypothesen voor te stellen over de bindingsaffiniteit van verschillende ATPases..
Waar worden homologiemodellen voor gebruikt?
Homologiemodellering is een van de computationele structuurvoorspellingsmethoden die worden gebruikt om de 3D-structuur van eiwitten te bepalen op basis van de aminozuursequentie ervan. Het wordt beschouwd als de meest nauwkeurige van de computationele structuurvoorspellingsmethoden. Het bestaat uit meerdere stappen die eenvoudig en gemakkelijk toe te passen zijn.
Wat is homologiemodellering en waarom is het nodig?
Homologiemodellering verkrijgt de driedimensionale structuur van een doeleiwit op basis van de overeenkomst tussen sjabloon- en doelsequenties en deze techniek blijkt efficiënt te zijn als het gaat om het bestuderen van membraaneiwitten die zijn moeilijk te kristalliseren zoals GPCR omdat het een hogere mate van begrip geeft van …
Hoe maak je een homologiemodel?
er zijn verschillende stappen betrokken bij de homologiemodellering
- sjabloonselectie met behulp van uw doelreeks. Hiervoor kunt u BLASTp zoeken tegen alle beschikbare eiwitstructuren (PDB's). …
- Uitlijning van sjabloon en doelsequentie. …
- Kwaliteit van uw model. …
- Verfijningvan uw model dienovereenkomstig.
Wat maakt een goede homologiemodellering?
Als we een "zeer succesvol homologiemodel" definiëren als een model met <=2 Å rmsd van de empirische structuur, dan de sjabloon moet >=60% sequentie-identiteit hebben met het doelwit voor een succes tarief >70%. Zelfs bij hoge sequentie-identiteiten (60%-95%), heeft maar liefst één op de tien homologiemodellen een rmsd >5 Å vs.
