Op chromosoom conformatie-capture (3C) gebaseerde methoden onthul de chromosoomorganisatie in de kern door de fysieke nabijheid van paren punten langs chromatine te bepalen. Ze behouden chromatine-interacties door verknoping gevolgd door fragmentatie, ligatie en sequentiebepaling van interagerende regio's.
Hoe werkt het vastleggen van chromosoomconformatie?
Chromosoomconformatie capture-on-chip (4C) captures interacties tussen één locus en alle andere genomische loci. Het omvat een tweede ligatiestap, om zelf-gecirculariseerde DNA-fragmenten te creëren, die worden gebruikt om inverse PCR uit te voeren. … Op een enkele microarray kunnen ongeveer een miljoen interacties worden geanalyseerd.
Wat is het vastleggen van chromatineconformatie?
Chromatin Conformation Capture (3C) is een belangrijke techniek die wordt gebruikt om de chromatinestructuur te bestuderen, evenals de basis voor verschillende andere afgeleide technieken. … Het protocol omvat formaldehyde-verknoping van cellen gevolgd door chromatine-isolatie en vertering met een restrictie-enzym.
Hoe werkt Hi-C-sequencing?
De Hi-C-benadering breidt 3C-Seq uit om chromatinecontacten genoombreed in kaart te brengen, en het is ook toegepast op het bestuderen van in situ chromatine-interacties. Bij deze methode worden DNA-eiwitcomplexen verknoopt met formaldehyde. Het monster wordt gefragmenteerd en het DNA wordt geëxtraheerd, geligeerd en verteerd met restrictie-enzymen.
Wat is Hi-C-techniek?
De klassieke Hi-C-techniek omvat restrictiedigestie van een met formaldehyde verknoopt genoom met sequentiespecifieke restrictie-enzymen, gevolgd door het invullen en repareren van verteerde uiteinden met de incorporatie van biotine-gekoppelde nucleotiden. De gerepareerde uiteinden worden vervolgens opnieuw geligeerd.
